Конохагакуре.
Со смертью Джирайи в деревню пришли траур и скорбь, а вести, которые принесли его подопечные, не добавляли красок: на Коноху движется ураган из неприятных событий, которые вполне возможно повлекут за собой множество смертей.
Узнав о планируемой атаке Акацуки, Хокаге принимает решение обратиться к другим странам за помощью в отражении нападения. В этой битве её союзниками становятся Кири и Суна. Мизукаге, в попытке отмыть репутацию деревни, посылает небольшой отряд шиноби с новоизбранными мечниками тумана, а Суна посылает тех бойцов, что свободны.
Коноха успешно отражает нападение Пейна, отделавшись малой кровью. Элитный отряд шиноби из деревни Скрытого Листа, следовавший за Наруто, застал отбывающую Конан врасплох, что позволило им задержать девушку до дальнейших выяснений обстоятельств. Мертвые тела Яхико и Нагато были доставлены в Коноху.
Сунагакуре.
В Суне разгорается суматоха: неизвестная организованная преступная группа досаждает мирной деревне спланированными и массовыми атаками. Жители в панике, некоторые шиноби выведены из строя галлюцинациями, которые, вполне возможно, вызваны неизвестным до этого ядом. Казекаге и джоунины деревни пытаются противостоять им, однако пока количество жертв только растёт.
Киригакуре.
Многие ставят под сомнение правление Теруми Мэй, размышляя достойна ли она своего поста или же её следует сместить. Также кажется, что в деревне назревает переворот и готовится очередное покушение на каге.
Теруми времени зря не теряет. Отражая организованные атаки, она собирает новую команду мечников из тех мечей, что ей удается собрать и доставить обратно в деревню. Новая команда мечников получает печать, что не позволит им как либо пойти против Мизукаге и интересов деревни, также как не позволит пуститься в бега с полученным оружием.
Получится ли у Мэй отстоять свое законно полученное место, или она сдастся под натиском толпы и отдаст пост недостойным?
Ивагакуре.
Деревня Скрытого Камня несёт невосполнимую утрату. В Иве объявлен траур в связи с кончиной третьего Цучикаге, но дела деревни не требует отлагательств и на пост лидера назначают нового шиноби, а точнее - куноичи. Однако, новая Цучикаге не так проста, как кажется. Она имеет тайные связи с преступной организацией Акацуки, а точнее одним из её членов - Тоби. Новая глава деревни поддерживает взгляды единственного представителя клана Учиха, находящегося в организации, при этом тайно помогая ему в осуществлении его плана. К счастью, тайные умыслы четвёрной Цучикаге не затрагивают привычный ход жизни в деревни, а значит изменения не так уж и заметны.
Оноки, предвещая свою скорую кончину, записал секрет стихии Пыли в свиток и спрятал его где-то в деревне, при этом оставив несколько подсказок где искать. Может ли это значит, что джинтон не потерян?...
Кумогакуре.
Вот где действительно всё спокойно - так это внутри страны Молнии! Четвёртый Райкаге держит любую ситуацию в ежовых рукавицах, не давая чему-либо выйти из-под контроля. Стараясь стоять особняком среди других Великих стран, Деревня Скрытая в Облаке нежится в лучах стабильности и безопасности. Однако тревожные данные разведки об организации Акацуки заставляют напрячься господина Эя.
Отогакуре.
Орочимару, оставшийся лидером местной скрытой деревни, совершил попытку завладеть телом своего ученика, Учихи Саске, однако же, потерпел поражение. Юный Учиха считает, что убил своего учителя, но на самом деле Орочимару лишь поглощён им.
После того, как Саске выпускает всех заключенных и подопытных Орочимару, они организуют убежище в недрах Страны рисовых полей, чуть ли не у змеиного Саннина под носом, считая, что там он их искать не будет. Сплотившиеся, слегка сумасшедшие преступники решают организовано напасть на Суну, дабы пошатнуть её относительно мирное существование.
Акацуки.
Пейн вместе с Конан нападают на Коноху, при этом стараясь забрать как можно больше жизней и девятихвостового, но терпят поражение. Элитный отряд Конохи берет в плен Конан и мертвые тела её друзей доставляются в Коноху. Обито, осознавая, что Акацуки распались и большинство из организации мертвы, решает стать официальным лидером, собрав возле себя оставшихся в живых членов организации. Обито вместе с Зецу начинает охоту за глазами и младшим Учихой.
